Năm 2016, Viện Toán học đã ký Thỏa thuận hợp tác về hoạt động đào tạo thạc sĩ với Học viện Khoa học  và Công nghệ. Mục đích của việc ký kết Thỏa thuận này nhằm hỗ trợ hoạt động đào tạo trình độ thạc sĩ. Viện Toán học cử những cán bộ đủ năng lực, điều kiện tham gia giảng dạy, hướng dẫn luận văn cao học chuyên ngành Toán của Học viện Khoa học và Công nghệ.