Viện Toán học tuyển sinh đào tạo tiến sĩ theo 3 hình thức sau
- Tuyển sinh đào tạo tiến sĩ hệ chính quy;
- Tuyển sinh đào tạo tiến sĩ theo Đề án 911 (Đào tạo trong nước);
- Tuyển sinh đào tạo tiến sĩ theo Đề án 911 (Đào tạo theo phương thức phối hợp với các trường Đại học nước ngoài).